Wednesday, August 22, 2012

Competitive Landscape Building: Searching US patents and applications for gene sequences

http://www.patentlens.net/daisy/patentlens/landscapes-tools/sequences.html

As part of my role as a IP strategist, I strongly encourage all of my clients to rely on expert legal counsel to file and prosecute their patent applications.  In an effort to streamline this process and manage my client's expectations, I work with the inventors and company attorneys to develop a competitive landscape around each new invention using a variety of patent databases and search engines. This approach is useful during patent prosecution and often provides important answers to questions that often arise during financing activities.

When working with new or engineered gene, I typically start with the sequence search to avoid missing something due to differences in nomenclature.  My first stop is the NCBI's BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) site which allows me to find regions of homology between my DNA and/or protein sequence and entries in the NCBI sequence database.  A typical output includes a list of genes with homologous sequences, the statistical significance of the matches and information on functional and evolutionary relationships.  

I supplement this information by searching US patents and patent applications for my new gene sequence.   This process is made easy using a search utility developed by Cambia's Patent Lens Sequence Project.  This search site uses NCBI's BLAST software to search sequences that are listed in the specifications and claims of US patents and published patent applications.  Below is a sample output from a search of Mus musculus erythropoietin (EPO) mRNA sequence in the Cambia database.  The numerical score in the search result is a hypertext link to information that provides more detailed alignment and homology data. 

Sequences producing significant alignments:             Score  

gb|AR308789.1|AR308789 Sequence 3 from Patent US6555343  250    
gb|GV939069.1|GV939069 Sequence 11 from Patent US74...   248    
gb|AR926143.1|AR926143 Sequence 12 from Patent US70...   244    
gb|GZ136886.1|GZ136886 Sequence 21 from Patent US81...   228    
gb|GZ136885.1|GZ136885 Sequence 20 from Patent US81...   228    
USRE40911_2 Sequence 2 from Patent USRE40911             208    
gb|AR477490.1|AR477490 Sequence 2 from Patent US6696411  208    
gb|GC662854.1|GC662854 Sequence 5 from Patent US744...   202   
 
The sequence data in the Cambia system is a little out of date but it often gives me a starting point for more detailed patent searching.

Happy searching,
Debbie  

8 comments:

Fire Dragon said...

Bạn đang cần sử dụng dịch vụ chuyển hàng. Để giao hàng nhanh cho khách hàng của bạn. Nếu là như vậy hãy liên hệ với chúng tôi để sử dụng các dịch vụ vận chuyển chúng tôi. Hiện chúng tôi đang cung cấp rất nhiều dịch vụ giao hàng. Có thể kể đến như chuyển phát nhanh trong nước, giao hàng nhanh hà nội, giao hàng nhanh tphcm, chuyển hàng về nha trang, gửi hàng đi đà nẵng, ký gửi hàng hóa, dịch vụ giao hàng thu tiền hộ, cho thuê kho bãi, giao hàng trong ngày, chuyển hàng đi hà nội... Khi bạn cần chuyển hàng hãy nhớ đến chúng tôi.

Nam Mr said...

Collagen được biết đến như một loại thần dược giúp phái đẹp giữ lại tuổi thanh xuân, làn da căng tràn nhựa sống, chống lão hóa 1 cách kỳ diệu. Chính vì vậy,Collagen shiseido cua nhat ban dang nuoc sự suy giảm collagen theo năm tháng (cơ thể chúng ta mỗi năm có khoảng 1-1,5% lượng collagen bị mất đi) sẽ dẫn đến hậu quả “lão hoá” như: làn da bị khô, nhăn nheo, vien uong collagen cua nhat ban loai nao tot các đường nét khuôn mặt bị chùng nhão và chảy xệ. Nói cách khác, để duy trì sự trẻ trung, phụ nữ từ 25 tuổi trở lên nên chú ý bổ sung lượng collagen thiếu hụt kia.
Bạn đã nhiều lần trầm trồ, ngạc nhiên không hiểu sao có những người phụ nữ dù lớn tuổi nhưng trông rất trẻ, làn da căng mịn và tràn đầy sức sống? Câu trả lời rất đơn giản, uống collagen vào thời điểm nào trong ngàycoó chị em nào có kinh nghiệm thì chỉ em với ạ vì những người phụ nữ này đã sớm bổ sung collagen cho bản thân. Là phụ nữ, dĩ nhiên bạn cũng muốn được mãi trẻ trung, uống collagen hiệu nào tốt nhấtco ai mua rồi thì chỉ em với ạ mãi quyến rũ, vậy đã đến lúc bạn không thể làm ngơ với việc bổ sung collagen cho cơ thể. Hãy cùng megavita.vn điểm mặt một số sản phẩm collagen chất lượng, tiện dụng, dùng như một loại thực phẩm hằng ngày, được đánh giá cao về tác dụng trẻ trung, trắng hồng rạng rỡ.
Việc bổ sung dinh dưỡng cho mẹ bầu ở bất cứ giai đoạn nào cũng vô cùng quan trọng vì vậy cho dù thời tiết có nắng nóng thì chị em cũng cần ăn uống đầy đủ các thực phẩm để thai nhi có đủ chất phát triển.
Mùa hè, việc ăn uống của mẹ bầu có thể sẽ khó khăn hơn. bà bầu sắp sinh cần chuẩn bị những gìlà điều mà ai cũng muốn hỏi và muốn biết nhất là những ông chồng sẽ rất quan tâm đến vấn đề này bởi họ muốn trở thành anh hùng trong lòng các bà vợ Thay vì việc cố gắng "nhồi nhét" thêm một múi cam hay một quả nho, mẹ có thể say sinh tố hoặc uống các loại nước ép hoa quả, nhận biết dấu hiệu sắp sinh của bà bầuvậy đấy bạn muốn biết thêm về dấu hiệu cho việc này nếu vậy hãy click vào và tìm hiểu ngay đi nào để tạo cho mình một kiến thức sâu rộng rau xanh... sẽ giúp cung cấp đầy đủ vitamin và dưỡng chất cần thiết cho thai kỳ.

Trinh Phương said...

cách rơ lưỡi cho em bé sơ sinh-Trước khi rơ, mẹ cần vệ sinh tay mình sạch sẽ, lancome mousse douceur cleansing foam tránh cọ xát mạnh làm đau lưỡi bé. collagen maihada có tốt không- Làn da của bạn cũng bắt đầu trở nên mỏng và nhạy cảm hơn rất nhiều, trường hợp này làn da rất dễ bị tổn thương và trở nên lão hóa nhanh hơn bình thường. bé ra nhiều mồ hôi lưng khi ngủVề vấn đề ra nhiều mồ hôi đây là chuyện thường thấy, không phải do cơ thể trẻ yếu hay do còi xương mà phần nhiều là do sinh lý. Sữa rửa mặt Lucia Nguyên nhân trẻ đổ mồ hôi là vì hệ thần kinh đại não chưa phát triển hoàn thiện, trẻ đang trong thời kỳ sinh trưởng, phát triển, sự trao đổi chất ở trẻ diễn ra mạnh. Vì vậy trẻ rất dễ đổ mồ hôi, đặc biệt là khi bú mẹ hoặc khi được ủ quá kín. bé bị ra nhiều mồ hôi trộmHiện tượng ra mồ hôi trộm là chỉ điểm cho thấy bé thiếu vitamin D, sữa ong chúa candes roygel Ca mặc dù cân nặng và chiều cao đạt mức bình thường (nhưng chất lượng xương cơ chưa cứng cáp). Hiện tại giấc ngủ như vậy là tốt, nên đảm bảo duy trì trung bình mỗi bữa là 160-180ml sữa x 6 bữa (tối thiểu),trẻ sơ sinh bị táo bón nên làm gìKhi bé sốt bạn có thể lau người cho bé bằng nước ấm vì nước lạnh hay nóng quá đều có thể làm tình trạng của bé tệ hơn. ohui white extreme cellight emulsion Nước ấm sẽ giúp cơ thể thoát nhiệt, giảm sốt nhanh hơn. Mặc cho bé những trang phục thoải mái và thoáng để nhiệt có thể thoát ra. sữa rửa mặt ngăn ngừa lão hoá pond's age miracle

Bảo Vũ said...

Bạn muốn có thân hình hoàn hảo và không biết loại thuoc giam can an toan và hiệu quả nào?. super collagen + c giúp chống lão hóa, trắng da khỏe đẹp, nếu muốn tăng cường thị lực hãy sử dụng thuốc bổ mắt của chúng tôi. Loại thuốc sản xuất từ nhật collagen shiseido dang vien giúp trắng da chống lão hóa. Hãy uống thuốc giải độc gan để có 1 lá gan khỏe mạnh mà không bị tổn thương. Sinh lý của bạn đang yếu đi vì cậu nhỏ, sau đây là cách làm tăng kích thước cậu nhỏ giúp bạn yêu lâu hơn .thuốc fucoidan umino shizuku của chúng tôi là thuốc từ Nhật hổ trợ ung thư hiệu quả nhất. collagen có tác dụng gì và hiệu quả ra sao, có giúp trắng da được không? Bạn bị hói hoặc không có tóc hãy sử dụng thuoc moc toc để có 1 mái tóc đen và mượt mà.

sp calvin said...

What can be your "business plan" almost all about? There are a few button essentials You must fully understand ALONG WITH understand previous anyone Pick a template or process AND start writing.http://www.mordocrosswords.com/2015/07/nod-off-during-cocktail-hour.html

Giải Trí said...

Về các giải pháp, vị chuyên gia này cho rằng đầu tiên phải tập trung nguồn lực phát triển hệ thống thang máy gia đình Mitsubishi thay vì tập trung xây thêm đường van chuyen hang hoa Bac Nam là chủ yếu như hiện nay. Vì thực tế ở nhiều nước đã chứng minh việc xây thêm nhiều cầu, đường hoặc cầu vượt sẽ có xu hướng người dân sắm thêm phương tiện cá nhân van chuyen hang hoa di Sai Gon và ùn tắc chỉ giải quyết được trong giai đoạn đầu khi đường mới làm xong, sau đó lại tiếp tục tắc nghẽn vận chuyển hàng hoá ra Hà Nội.

Do vậy trọng tâm trong những năm tới là phát triển van chuyen hang di Phu Quoc công cộng chứ không phải xây thêm đường van chuyen hang ra Da Nang.

Dẫn ví dụ việc xây dựng tuyến metro số 1, ông Du nói: "Lẽ ra khi xây tuyến vận chuyển hàng hoá ra Hải Phòng thì không nên mở rộng xa lộ Hà Nội, vì khi mở rộng đường, đi xe cá nhân sẽ tiện hơn thì không ai chọn metro. Nếu không mở đường cứ để kẹt xe thì tất yếu người dân sẽ chuyển sang dùng phương tiện công cộng”, ông Du góp ý thang máy chở khách.

ane semprul said...

This blog is so nice to me. I will continue to come here again and again. Visit my link as well. Good luck
obat aborsi
cara menggugurkan kandungan
obat telat datang bulan
obat penggugur kandungan
obat aborsi
cara menggugurkan kandungan

Evelin Harriet said...

Nice article, I loved it. Thanks for sharing and keep sharing. Get a ERP software for you small business.For more details contact us.
erp in chennai
cloud erp in chennai
leather erp in chennai
trading erp in chennai
franchise erp in chennai